ほくろを“黒子”と書くように通常、「黒褐色」で「濃い色」をしていますが、「薄茶色」のものも珍しくありませんし、中には「肌色」をしたものもあります。大きさは、ほとんどが１センチ程度までです。
ほくろの形状は、盛り上がっているもの、平らなもの、デコボコとしたものなどがあり、感触も皮膚と変わらないツルツルのものや、ザラザラ感のあるものなど色々です。また、母斑細胞が皮膚の、どの深さで増殖するかによって、「浅い」「深い」といた違いもあり、ほくろ除去の場合に、その判断は重要になってきます。
ほくろ除去にも関わる「ほくろの深さ」は次の３つのタイプがあり、より正確な深さを探るのは手術を行なうクリニックの技術に掛っているといえるでしょう。
境界型 形成が表皮と真皮の境界部で母斑細胞が増殖して起きる。 複合型 形成が境界部と真皮の両方で母斑細胞が増殖して起きる。 真皮内型 形成が真皮内で母斑細胞が増殖して起きる。 私達の皮膚は外側から表皮、真皮、脂肪層（皮下組織）の３層からなります。ほくろの形成に関わるのは、その内、一番外の表皮と中間にある真皮になります。表皮の下には神経や神経終末、皮脂や汗の分泌腺、毛包、血管があります。薄くて丈夫な特徴をもち、表皮の外側の部分である角質層は、水をはじき、細菌やウイルス、その他の異物が体内に侵入するのを防ぐ働きがあります。表皮の最下層の基底層には、ほくろの形成にも関わるメラニン色素を産生するメラニン形成細胞（メラノサイト）があります。
メラニン色素は日光からの紫外線を吸収し、細胞へのダメージを防ぐ働きをしています。ほくろは、紫外線を多く浴びることで、数を増やしたり、大きくなる傾向にあります。その数や大きさを気にしている人は、意識して長袖の衣服を身に付けたり、紫外線を軽減するクリームを日常的に使用するなどの紫外線対策が必要なのは言うまでもありません。
真皮は表皮の下にある厚い層で、皮膚に弾力性を与える、コラーゲンとフィブリンから出来ています。真皮内の神経終末は痛覚や触感、温度や肌触りを感じとります。ほくろは、これら表皮、真皮と、その境界層の、どこで母斑細胞が増殖するかで、ほくろのタイプが決まってきます。基本的に子供時代から境界型、複合型と、ほくろのタイプは推移して、最終的に大人になると真皮型が、ほとんどになるようです。